Rosetta

Rosetta＠home †[edit]

Rosetta＠homeとは †[edit]

こちらのサイトより引用

Rosetta＠homeは、世界中のインターネットに接続したコンピュータを使うBOINCによる科学研究プロジェクトです。
蛋白質立体構造ならびに蛋白質-蛋白質間と蛋白質-リガンド相互作用を予測し設計することを目的とします。

私たちの最終的なゴールは、正確に蛋白質立体構造とその複合体を予測し設計する手法を確立し、HIV/エイズ、ガン、マラリア、アルツハイマーなどのような人間の難病に対する治療法に一役買うことであります。

将来の計画
私たちの手法は、CASPとCAPRI実験でテストされており、私たちの公的に利用可能な蛋白質構造予測サーバ（Robetta）で実装されます。
そして、それが無料で世界中から何百人もの権威ある数々の科学者によって現在使用されており、最近のCASP実験では自動構造予測サーバのうち最高の1台であることが証明されました。

数多くのRosetta＠home参加ボランティアが今後も増えるならば、私たちもRobettaサーバによる構造予測の長い待ち期間を減らし、
そして現在まだ提供することができていない数多くの研究にその門戸をさらに増やしていくことを可能にする計算資源を提供するため、
今後もこのRosetta＠homeを運用してゆく予定です。

詳しく知る: Rosetta@home (Wikipedia)

Rosetta＠homeに参加する †[edit]

1.BOINCクライアントを入手。 †[edit]

BOINCクライアントをまだ入手してないならここからダウンロードしてインストールします。

既にWCG等に参加してBOINCをインストールしている場合は必要ありません。

• BOINCのインストール方法

2.セットアップ †[edit]

BOINCクライアントの「Add Project」*1からプロジェクト追加画面へ。初回起動なら自動的に追加画面が開きます。
URLは「https://boinc.bakerlab.org/rosetta/」。メールアドレスとパスを要求されるので入れる。パスはメモしておく。

• メールアドレスは他のプロジェクトと同じものを使用します。

3.サイトでアカウント情報を設定 †[edit]

入力が終わるとブラウザが開き名前と国・郵便番号を入れるページに行くので入力する。名前は「名前@板名」で。
デフォでユーザー名になってるので変える。

Team 2chに参加する †[edit]

名前を入れるとアカウント情報のページに行く。その状態でこのTeam 2chのページへ行きJoin This Teamの所のJoinを押す。

4.Preferencesを設定 †[edit]

言語設定のページで「Japanese」を選択すると表示を日本語に出来ます。

各種設定はここ。
CPU使用率はクライアント側で指定するかここのEdit preferencesで設定する。。

デフォでDo work while computer is in use?がnoになってる(PC使用時に解析しない)のでここのEdit preferencesでYesにする。
noのままだとアイドル時にしか解析しない。
Managerのアクティビティで常時稼動にしてあるなら関係ない。

成績や宿題の提出状況等はYour accountのタスクの項で確認できます。
Team 2ch内のランキングは公式で。
詳しいBOINC Managerの説明はこちら。

• サーバー状態
  • Database statusが宿題の状況。Ready to sendが配布の用意できてる宿題数。In progressが配布して進行中の宿題数。

WUの固さを設定する †[edit]

設定していないと8時間のものになる。設定しなくても問題ない。

1. Rosetta@homeのYour Accountページへ行く
2. まんなか近くにある [Rosetta@home についての好みの設定(プレファレンス)] を開く
3. [プレファレンスを編集] を開く
4. Target CPU run time を適当に選択して[プレファレンスを更新する]ボタンを押す

NOTE:設定時間に応じた固さのWUが送られてくるようになる。対象たんぱく質の見かけが大きいものの方が解析に時間がかかる。
1WUには1たんぱく質の情報が入っており、この固さ（＝たんぱく質の大きさ・折りたたみ試行回数）が調整されてPCに届くようになっている。
それは折りたたみの一段落につき解析に時間のかかる大きなたんぱく質を10000数回折りたたむ場合もあるし、

小さなたんぱく質を数十万回折りたたむ可能性もあるということである。
現在の折りたたみの段落は、グラフィック表示の"Model"の数で確認することができる。