Folding@homeについて †[edit]

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Folding@homeとは？ †[edit]

Folding@homeはタンパク質がどのように自力で組みあがっていくか(folding)を
シミュレートし解明する分散コンピューティングプロジェクトです。

アルツハイマー、狂牛病、パーキンソン病などはタンパク質の異常なfoldingが
原因と考えられており、foldingを解明することはこれらの疾患の解明につながります。
みなさんのコンピューターの余力を使って、タンパク質のfoldingという
複雑な問題を解明しましょう。

Folding@homeは BOINCのプロジェクトではなく、専用のソフトウェアが必要です。

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Folding@homeとRosetta@homeの違い †[edit]

Folding@home も Rosetta@home も、どちらもアルツハイマー病のようなタンパク質に関する疾患を研究していますが、次のような違いがあります。

Folding@home
Folding@homeは、分子動力学モデルを使用して、タンパク質がどのような経路を経て折りたたまれるのか、そして誤った折りたたみがなぜ疾患を引き起こすのかというプロセスを理解し、治療法を見つけようとしています。Folding@home は、Rosetta@homeのようにBOINCプラットフォームを用いず、自前で多くを行っています。(プラットフォーム間の互換性の問題のため)
Rosetta@home
Rosettaは、エネルギー的に最も安定して可能性が高いタンパク質の構造を研究しています。それが実際の分子の形状かや、折りたたみが実行可能かどうかは定かではありません。Rosettaはまた、タンパク質どうしの結合予測でも使用され、こうした相互作用の理解は医薬品設計において重要な知見を与えます。

Rosetta@homeの結果は、Folding@homeのプロジェクトの基礎として利用されます。その逆に、Folding@homeの結果は、Rosetta@homeの結果を検証するために利用されます。

2020年4月現在、Folding@homeの浮動小数点計算能力はRosetta@homeの約2000倍(1360 PTLOPS/0.62 PFLOPS)です。

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Folding@homeの参加方法 †[edit]

Folding@homeに参加することで、あなたのPCの計算能力をプロジェクトが行っている研究活動に貢献できます。貢献の度合いはデータ処理量や処理時間に基づくポイントで表現されます。

Folding@homeへの参加のしかたは、匿名としての他、ユーザ名を持った個人として、または個人が集まったチームに参加することもできます。

参加のステップ：

1. アプリをダウンロードし、インストールします

2. ユーザ名を登録します(任意)

3. Team 2chへ参加します(任意)

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1. アプリをダウンロードし、インストールする †[edit]

Folding@homeに参加するために、手元のPCにアプリをインストールする必要があります。これだけでFodling@homeに貢献することができます。

次のページからアプリをダウンロードし、インストールします。

https://foldingathome.org/alternative-downloads/

OSは、Windows(32bit, 64bit)、Mac(macOS 10.7以降)、Linux(64bit, rpm or deb)に対応。

インストール手順が解説された記事があります。

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2. ユーザ名を登録する (任意) †[edit]

ユーザ名を登録し、アプリに入力することで、あなたのプロジェクトへの貢献がサーバ上に表示され、数値(ワークユニット(WU)数、ポイント数)で確認できます。またより多くのポイントを得られます。

次のサイトから、名前とEmailアドレスを登録して、Passkeyを入手します。

https://apps.foldingathome.org/getpasskey

Passkeyをアプリに登録するため、Webコントロール画面のChange Identityをクリックするか、アドバンスドコントロールのConfigureボタンからIdentityタブをクリックします。

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3. Team 2chに参加する (任意) †[edit]

チーム番号に162と入れればチーム2chに入れます。
あとは勝手にやってくれます。

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2chスレ †[edit]

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テンプレ †[edit]

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現行スレ †[edit]

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過去スレ †[edit]

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TIPS †[edit]

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運用 †[edit]

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リモート管理 †[edit]

1、サブPCのAdvanced Control > Configure > Remote Access でPasswordを決める

2、IP Address Restriction に 127.0.0.1 （メインPCのIPv4アドレス）/24を入力（例：https://imgur.com/40YNkiO）

3、メインPCに戻り、Advanced Control > Clients > Add > Address > HostnameにサブPCにのIPv4アドレスを入力

4、アプリ再起動

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コマンドライン †[edit]

FAHClient.exe --helpを実行するとオプションを閲覧できます。 [#z0c1da97]

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新型コロナ関係 †[edit]

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新型コロナウイルスだけの解析をしたい †[edit]

こちらのFAQを参照

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自分が新型コロナウイルスの解析をしているか確認したい †[edit]

こちらのFAQを参照

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トラブルシューティング †[edit]

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解析ファイル(UW, ワークユニット)が落ちてこない †[edit]

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GPUが仕事しない、計算ミスる †[edit]

クロック電圧は余裕をもった設定で

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CPU使用率が上がらない †[edit]

現時点の利用可能論理コア数は32コアです

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ブラウザ上の管理画面が繰り返し読み込まれる †[edit]

この問題が修正された FAHクライアント リリース7.6.9 以降のアプリをインストールします。

回避策として Edgeブラウザを用いるか、Chromeの場合はキャッシュを削除するか、シークレットモードを用います。

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チューニング †[edit]

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スロットの調整 †[edit]

標準では1つの課題にCPUの全スレッド-1（Fullの場合）を適宜割り当てて対応するようになっているが

configure→slots→Addを押して出る「CPUs」の所の数値「-1（自動割り当て）」を「1」や「2」にしてOKを押すと

CPUスレッド使用数を限定して課題を処理できる。

同時に、現在はこのスロット数を増やしている方が課題が落ちてきやすい。
（GPU側は詳しい人以外はそのままで）

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今行っている宿題が99%より前に次の宿題を確保したい †[edit]

高速CPU/GPUを使っていたら Next Unit Percentageの設定をしておくと良さそう

Advanced Control > Configure > Slots > (Slotを選択) > Edit > Addボタン

name に 「next-unit-percentage」、Valueに90から100の数字を入れる

デフォルトが99で、WUの処理が99%まで進んだら次のWUのダウンロードが始まるという設定。

95とかにすれば、WUの処理が終わったのに次のWUが落ちてきてない、ということを抑制できるはず。

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GPUのパフォーマンス比較 †[edit]

各GPUの1日獲得ポイント表 GPU PPD Database

https://www.overclock.net/forum/55-overclock-net-folding-home-team/475163-gpu-projects-ppd-database.html

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ポイント †[edit]

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ポイントはどのようにして決定されるのですか? †[edit]

あなた方のマシンのハードウェア性能(CPU、GPUなど)と、参照用ベンチマークマシンの性能を比較してポイントが決定されます。

新しいプロジェクトのワークユニット(Work Units: WU)を送信する前に、そのプロジェクトの1つまたは複数のワークユニットを専用のマシンでベンチマークします。そして、その結果をもとに、そのプロジェクトに含まれるすべてのWUのポイントを決定します。

この基本ポイント(Base credit)に加えて、以下のようなボーナスポイントを追加することがあります。

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ボーナスポイント †[edit]

プロジェクトメンバーが興味を持っているタンパク質を研究するためには、ワークユニット(Work Units: WU)を迅速に完了させることが非常に重要で、迅速に結果が返ってくる必要があります。迅速に結果が返ってくるということはまた、これまで以上に大規模で難易度の高いプロジェクトを立ち上げることができるということでもあります。

そこでプロジェクトでは、2010年に早期リターンボーナス (クイック・リターン・ボーナス: QRB)を導入し、ポイントを科学的な価値と整合させることに成功したと考えています。QRBの詳細は次をご覧ください。

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早期リターンボーナス(QRB) †[edit]

以下の条件を全て満たしている場合、基本ポイント(Base Credit)に加えて、提出時間に応じたボーナスポイントを得られる。

Base Creditと早期リターンボーナスを合計した獲得ポイントは次の式で計算される*1。

獲得ポイント = BaseCredit × sqrt(k × Expiration(days) ÷ ElapsedTime(days))

ExpirationとElapsed Timeは日単位。課題ごとに設定される係数kは基本的に0.75（以前はプロジェクトの重要度などによって変動していた）。計算結果がBase Creditを下回る場合はBase Creditに切り上げられる。Elapsed Timeは割り当てから提出完了までの時間であるため、実際の処理時間に加えて課題のダウンロード時間と結果のアップロード時間も含まれていることに注意。

同様に、PPDについても次の式で計算される。

PPD = BaseCredit × 14.4 ÷ TPF(min.) × sqrt(14.4 × k ×Expiration(days) ÷ TPF(min.))

使用する変数がTPF（分単位）になっている点が異なる。

例として、BaseCredit = 9,405、Expiration = 8日+4時間48分、k = 0.75の課題を
TPF = 1分20秒、ElapsedTime = 2時間20分で処理した場合の獲得ポイントとPPDは以下のようになる。
獲得ポイント = 9,405 × sqrt(0.75 × 8.2 ÷ 0.09722)
　　　　　　 = 74,802
PPD = 9,405 × 14.4 ÷ 1.333 × sqrt(14.4 × 0.75 × 8.2 ÷ 1.333)
    = 828,123

処理時間と獲得ポイントは次のグラフのように相関しており、早ければ早いほど高いボーナスポイントが得られる。

処理時間と獲得ポイントのグラフ
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パスキー †[edit]

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パスキーとは何ですか? †[edit]

パスキー(passkey)は、個人を識別し、Folding@homeに対する貢献を個人に結びつける秘密の文字列です。passkeyによって、他の人が同じユーザー名を使って不正行為をするのを防ぐことができます。

パスキーはまた、早期リターンボーナス (Quick Return Bonus: QRB) ポイントを獲得するために必要です。QRBの詳細は上をご覧ください。

passkeyは次のページから入手して、アプリに設定します。

https://apps.foldingathome.org/passkey/create

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用語集 †[edit]

WU (Work Unit)
課題、あるいは宿題と言ったりする。割り当てられたWUをFolding@homeのサーバーからダウンロードし、折り畳みの計算をして、サーバーに結果を送信する。計算内容はタンパク質が折り畳まれる過程の小さなタイムスライス (small time-slice of protein processing*2)。
ETA (Estimated Time of Arrival)
処理中の課題が完了するまでの推定残り時間
Base Credit
課題クリアで貰えるポイント。数値が大きいほど時間がかかる重い課題。課題ごとのBase Creditはこのページで見れる。
Estimated Points, Estimated Credit
推定獲得ポイント。処理中の課題を現在のスピードでクリアした際に得られる推定ポイント。passkeyを登録していると早期リターンボーナスが加算される。
Estimated PPD (Points Per Day)
処理中の課題を丸1日回していたら得られるであろう推定ポイント。課題待ちの待機が多い為に実際には半分もいけば良いほう。

GPU性能の指標に使われることが多い
Estimated TPF (Time Per Frame)
課題処理が1%進捗するのにかかる時間
PRCG
Work Unitを一意に識別する番号の組。次の書式で、4つの番号で表示される。 
Project番号 (Run番号, Clone番号, Generation番号)
Runは温度や初速度などの異なる初期条件、Cloneは計算対象の軌道（？）、Generationは時間軸を示す。タイムアウトした場合を除き、同一のPRCGが複数回配布されることはない。
Slot
WUを処理する受け皿。1つのスロットに1つのWUが割り当てられる。スロットごとにCPUかGPUかを選択する。1スロットに複数のCPUコアを割くこともできるし、1スロット1コアにして複数のスロットを用意することもできる。
Quick Return Bonus (QRB)
早期リターンボーナス。条件を満たした場合、課題の提出が早ければ早いほど高いボーナスポイントが得られる。
passkey
passkey(パスキー)は、個人を識別しFolding@homeに対する貢献を個人に結びつける秘密の文字列である。
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リンク集 †[edit]

■Folding@Home公式

トップ

https://foldingathome.org/

フォーラム

https://foldingforum.org/index.php

FAQ

https://foldingathome.org/support/faq/

FAQ > アプリ実行

https://foldingathome.org/support/faq/running-foldinghome/

FAQ > カスタマイズ

https://foldingathome.org/support/faq/installation-guides/configuration-guide/

FAQ > ポイント

https://foldingathome.org/support/faq/points/

ダウンロード

https://foldingathome.org/alternative-downloads/

ダウンロード > 旧バージョン

https://download.foldingathome.org/releases/

ダウンロード > ベータ版

https://foldingathome.org/beta/



■プロジェクト運用

Web Apps

https://apps.foldingathome.org/

サーバ一覧 - 宿題の提出先

https://apps.foldingathome.org/serverstats

プロジェクト一覧 - 宿題の締め切り

https://apps.foldingathome.org/psummary

プロジェクト詳細 - 宿題の貢献先

https://stats.foldingathome.org/project

不具合情報

https://github.com/FoldingAtHome/fah-issues/issues



■統計/ランキング (タイムラグあり)

全チームランキング

https://stats.foldingathome.org/teams

Team 2chメンバーランキング

https://apps.foldingathome.org/teamstats/team162.html

EOC Folding@Home Stats

https://folding.extremeoverclocking.com/

GPU PPD Database - 各GPUの1日獲得ポイント

https://www.overclock.net/forum/55-overclock-net-folding-home-team/475163-gpu-projects-ppd-database.html

*1 公式FAQより
*2 https://foldingforum.org/viewtopic.php?f=24&t=26036&sid=b6204937b1fdc7600d9402b8b0dab1e6#p327409
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