Folding@homeについて †[edit]Folding@homeとは? †[edit]Folding@homeは、タンパク質がどのように アルツハイマー、狂牛病、パーキンソン病などはタンパク質の異常なfoldingが みなさんのコンピューターの余力を使って、タンパク質のfoldingという Folding@homeは BOINCのプロジェクトではなく、専用のソフトウェアが必要です。 詳しく知る: Folding@home (Wikipedia) Folding@homeとRosetta@homeの違い †[edit]このページの主題である「Folding@home」も、別ページで論じられている Rosetta@home も、どちらもアルツハイマー病のようなタンパク質に関する疾患を研究しています。しかし詳しく見ると次のような違いもあります。
Rosetta@homeの結果は、Folding@homeのプロジェクトの基礎として利用されます。その逆に、Folding@homeの結果は、Rosetta@homeの結果を検証するために利用されます。 2020年4月現在、Folding@homeの浮動小数点計算能力はRosetta@homeの約2000倍(1360 PTLOPS/0.62 PFLOPS)です。
Folding@homeの参加方法 †[edit]Folding@homeに参加することで、あなたのPCの計算能力をプロジェクトが行っている研究活動に貢献できます。貢献の度合いはデータ処理量や処理時間に基づくポイントで表現されます。 Folding@homeへの参加のしかたは、匿名としての他、ユーザ名を持った個人として、または個人が集まったチームに参加することもできます。 参加のステップ: 1. アプリをダウンロードし、インストールする †[edit]Folding@homeに参加するために、手元のPCにアプリをインストールする必要があります。これだけでFodling@homeに貢献することができます。 次のページからアプリをダウンロードし、インストールします。 OSは、Windows(32bit, 64bit)、Mac(macOS 10.7以降)、Linux(64bit, rpm or deb)に対応。 インストール手順が解説された記事があります。 2. ユーザ名を登録する (任意) †[edit]ユーザ名を登録し、アプリに入力することで、あなたのプロジェクトへの貢献がサーバ上に表示され、数値(ワークユニット(WU)数、ポイント数)で確認できます。またより多くのポイントを得られます。 次のサイトから、名前とEmailアドレスを登録して、Passkeyを入手します。 Passkeyをアプリに登録するため、Webコントロール画面のChange Identityをクリックするか、アドバンスドコントロールのConfigureボタンからIdentityタブをクリックします。
3. Team 2chに参加する (任意) †[edit]チーム番号に162と入れればチーム2chに入れます。 2chスレ †[edit]テンプレ †[edit]現行スレ †[edit]
過去スレ †[edit]
TIPS †[edit]運用 †[edit]リモート管理 †[edit]1、サブPCのAdvanced Control > Configure > Remote Access でPasswordを決める コマンドライン †[edit]FAHClient.exe --helpを実行するとオプションを閲覧できます。 新型コロナ関係 †[edit]新型コロナウイルスの解析だけをしたい †[edit]こちらのFAQを参照 自分が新型コロナウイルスの解析をしているか確認したい †[edit]こちらのFAQを参照 トラブルシューティング †[edit]解析ファイル(WU, ワークユニット)が落ちてこない †[edit]
GPUが仕事しない、計算ミスる †[edit]クロック電圧は余裕をもった設定で CPU使用率が上がらない †[edit]現時点の利用可能論理コア数は32コアです ブラウザ上の管理画面が繰り返し読み込まれる †[edit]この問題が修正された FAHクライアント リリース7.6.9 以降のアプリをインストールします。 チューニング †[edit]スロットの調整 †[edit]標準では1つの課題にCPUの全スレッド-1(Fullの場合)を適宜割り当てて対応するようになっているが 同時に、現在はこのスロット数を増やしている方が課題が落ちてきやすい。 今行っている宿題が99%になる前に次の宿題を確保したい †[edit]Advanced Control > Configure > Slots > (Slotを選択) > Edit > Addボタン デフォルトが99で、WUの処理が99%まで進んだら次のWUのダウンロードが始まるという設定。 ただし解析が始まるまでの間も後述のボーナスポイントは減っていくので注意。 GPUのパフォーマンス比較 †[edit]各GPUの1日獲得ポイント表 GPU PPD Database Folding@Homeの実行 †[edit]ワークユニット(WU)の提出に要す時間に制限はありますか? †[edit]はい。ワークユニット(WU)は連続しています。完成したWUが送り返されると、その結果から新たなWUが生成されます。各プロジェクト(WUのグループ)を完了させるために何世代も重ねなければなりません。第1世代のWUは、第2世代のWUを準備して送信する前に、すべて提出されなければなりません。 これらの世代交代を続けるためには、WUがタイムリーにアップロードされなかった場合 (紛失、削除など) は「期限切れ」となる期限を設定しなければなりません。これらの未完成のWUは「期限切れ」となり、新しいマシンに再割り当てされます。 締切日(タイムアウト)前までに完了してアップロードされたすべてのWUに対しては、まだポイント(クレジット)を受け取ることができます。しかし、タイムアウト後は、あなたの貢献は科学的にはあまり役に立たなくなります。あなたが最終的にWUを完成させたとしても、プロジェクトを進めるためには、他の貢献者が重複した作業を引き継がなければなりません。そして、その二人目の貢献者を評価しないのは不公平です。 締切日が過ぎると、PCは自動的にWUを破棄し、新しいWUをダウンロードします。あなたのマシンがタイムアウト前にWUを完了できない場合は、FAHクライアントをより長い時間で実行するか、FAHクライアントをより高速なコンピュータで実行することをお勧めします。 有効期限は、WUの性質に応じて、数日から数週間のオーダーで異なります。WUが大きくなったり長くなったりすると、必要に応じて有効期限を延長していきます。締切の直前に提出することがゴールではありません。できるだけ早くWUを返却することが、プロジェクトにとって最も有益です。 PCの電源を切ったら? FAHクライアントはその作業(すなわちチェックポイント)を保存しますか? †[edit]コアは定期的にディスクドライブにデータを書き込みますので、FAHクライアントを停止しても、最初の時点以外からワークユニットの処理を再開できます。GROMACSコアでは、チェックポイントはほぼどこでも発生する可能性があります。チェックポイントは、結果として作成されるデータとは関係ありません。 シミュレーションの不安定性とは何ですか? †[edit]分子運動のシミュレーションには多くの計算が必要です。各実行は、いくつかのタイムステップ(それぞれが非常に小さい)で構成されています。各タイムステップでは、様々な原子の位置が計算され、多くの要因に基づいて更新されます。時々、シミュレーションは適当ではない状態になります。たとえば、原子が近すぎたり、結合がありえない角度になっていたりなどです。このような場合、コアが終了し、情報がサーバーにアップロードされます。その後、クライアントは別の課題を受けることになります。 この動作は、コンピュータが安定しているなら問題ではありません。それに対して、不安定なコンピュータでは、シミュレーションの不安定性は、ワークユニットに内在する何かではなく、システムの障害によって引き起こされた可能性があります。このため、不安定になったとしてサーバに戻されたワークユニットは、もう一度クライアントに送り出される場合があります。プロジェクトの中には、一部のワークユニットで、正当な不安定性が発生することを想定している場合があります。 ポイント †[edit]ポイントはどのようにして決定されるのですか? †[edit]あなた方のマシンのハードウェア性能(CPU、GPUなど)と、参照用ベンチマークマシンの性能を比較してポイントが決定されます。 新しいプロジェクトのワークユニット(Work Units: WU)を送信する前に、そのプロジェクトの1つまたは複数のワークユニットを専用のマシンでベンチマークします。そして、その結果をもとに、そのプロジェクトに含まれるすべてのWUのポイントを決定します。 この基本ポイント(Base credit)に加えて、以下のようなボーナスポイントを追加することがあります。 ボーナスポイント †[edit]プロジェクトメンバーが興味を持っているタンパク質を研究するためには、ワークユニット(Work Units: WU)を迅速に完了させることが非常に重要で、迅速に結果が返ってくる必要があります。迅速に結果が返ってくるということはまた、これまで以上に大規模で難易度の高いプロジェクトを立ち上げることができるということでもあります。 そこでプロジェクトでは、2010年に早期リターンボーナス (クイック・リターン・ボーナス: QRB)を導入し、ポイントを科学的な価値と整合させることに成功したと考えています。QRBの詳細は次をご覧ください。 早期リターンボーナス(QRB) †[edit]以下の条件を全て満たしている場合、基本ポイント(Base Credit)に加えて、提出時間に応じたボーナスポイントを得られます。
Base Creditと早期リターンボーナスを合計した獲得ポイントは次の式で計算されます*1。 ExpirationとElapsed Timeは日単位。課題ごとに設定される係数kは基本的に0.75(以前はプロジェクトの重要度などによって変動していました)。計算結果がBase Creditを下回る場合はBase Creditに切り上げられます。Elapsed Timeは割り当てから提出完了までの時間であるため、実際の処理時間に加えて、課題のダウンロード時間と結果のアップロード時間も含まれていることに注意してください。 同様に、PPDについても次の式で計算されます。 使用する変数がTPF(分単位)になっている点が異なります。TPFは直近1フレームの処理時間であるため、これをもとに算出されるPPDは瞬間風速のような位置づけです。 例として、BaseCredit = 9,405、Expiration = 8日+4時間48分、k = 0.75の課題を TPF = 1分20秒、ElapsedTime = 2時間20分で処理した場合の獲得ポイントとPPDは以下のようになります。 獲得ポイント = 9,405 × sqrt(0.75 × 8.2 ÷ 0.09722) = 74,802 PPD = 9,405 × 14.4 ÷ 1.333 × sqrt(14.4 × 0.75 × 8.2 ÷ 1.333) = 828,123 処理時間と獲得ポイントは次のグラフのように相関しており、提出が早ければ早いほど高いボーナスポイントが得られます。(Project 11742の例) パスキー †[edit]パスキーとは何ですか? †[edit]パスキー(passkey)は、個人を識別し、Folding@homeに対する貢献を個人に結びつける秘密の文字列です。passkeyによって、他の人が同じユーザー名を使って不正行為をするのを防ぐことができます。 パスキーはまた、早期リターンボーナス (Quick Return Bonus: QRB) ポイントを獲得するために必要です。QRBの詳細は上をご覧ください。 passkeyは次のページから入手して、アプリに設定します。 用語集 †[edit]
リンク集 †[edit]■Folding@Home公式 ■プロジェクト運用 ■統計/ランキング (タイムラグあり) |